Відповідно рішення сесії Чернігівської обласної ради церкву Іоанна Богослова передано в користування Чернігівській єпархії Православної церкви України.
“В числі ж важливих, прийнятих депутатами, духовних документів було рішення про передачу у довгострокове безоплатне користування пам'ятки архітектури «Церква Іоанна Богослова» (Іванівська церква) у місті Ніжині управлінню Чернігівської єпархії УПЦ (Православна Церква України)”, - йдеться у повідомленні прес-служби обласної ради.

Довідка (Вікіпедія)
Церква Іоана Богослова — споруджена у 18 столітті на місці однойменної дерев'яної церкви, яка давно існувала на цьому місці. Фахівці вбачають у цій пам'ятці риси творчості відомого архітектора гетьманської України І.Г. Григоровича-Барського.
З 1926-го року в будівлі розташовано сховище архіву, нині — відділ зберігання документів Державного архіву Чернігівської області, а колишній будинок священика використовується як адміністративна будівля. Будівля перетворилось в місце "паломництва" науковців, студентів, краєзнавців та інших дослідників не тільки Ніжина, а й всієї України та зарубіжжя.
У 1954–1955 роках у храмі велись реставраційні роботи.
В 2017-му році проведений ремонт адмінбудівлі (будинок священика).
В місті було створено декілька малочисельних парафій Іоана Богослова та інші, які регулярно намагалися заволодіти приміщенням, виселивши архів.
В 2019 влада Ніжина надала архіву аварійне приміщення колишнього 11-го училища під сховище, куди з церкви Івана Богослова перевезли архівні справи.
04.04.2019 Чернігівською обласною радою прийнято рішення про передачу церкви Чернігівській єпархії ПЦУ.